Pyhäkköshintolaisuus on vanhin ja myös yleisin shintolaisuuden suuntauksista, se syntyi 600-luvulla buddhalaisuuden Japaniin tulon jälkeen . Tällöin keisari ja keskushallinto loivat shintolaisen pappisluokan ja alettiin rakentaa shintolaisuudelle tyypillisiä pyhäkköjä.

​

Nykyään pyhäkköshintolaisuudella on oma keskusjärjestönsä, joka perustettiin sodan jälkeen. Suurin osa pyhäköistä liittyi tähän organisaatioon, mutta yli tuhat pientä pyhäkköä jättäytyi siitä pois.

​

Japanissa on 100 000 pyhäkköä ympäri maata, jokaisesta kylästä voi löytää ainakin yhden pienen punaisen pyhäkön. Kyläläiset huolehtivat itse omasta pyhäköstään ja kyläläisistä muodostuu ryhmä, mitä kristinuskossa nimitettäisiin seurakunnaksi. Suurissa ja merkittävissä pyhäköissä kuten Ise, Tokion Meiji ja Yasukuni tai Kioton Heijan pyhäköt eivät muodosta ympärilleen maantieteellistä aluetta, jolle pyhäkkö kuuluisi vaan pyhäkön katsotaan kuuluvan koko Japanille

 

​

Pyhäköt  on omistettu eri jumaluuksille ja yliluonnollisille olennoille, kameille. Pyhäköt ovat jumalien asumuksia, joihin ihmiset tulevat kohtaamaan näitä ja saamaan  siunauksia ja menestystä toiveilleen ja tarpeilleen.

Pyhäköiden toimintaa johtavat papit. Monet pienten kylien papit ovat saaneet sukuperintönä pappeuden ja harjoittavat pappeutensa ohella muita ammatteja. Suurten merkittävien pyhäköiden papit ovat saaneet teologista koulutusta ja ovat päätoimisesti pappeja